到了2009年8月，商城事业部再度从消费者事业部分离，这一次，时任淘宝CFO的张勇兼任商城总经理，商城开始了第二次独立运营。但自始至终，商城与集市的“矛盾”并没有从根本上解决。打个比方，淘宝在举办针对消费者的促销活动时，会对商家设置一定的门槛，“C2C和B2C对商家的限定标准会有一定差异，但在淘宝网一个平台下，需要有相对统一的规则。这就需要我们在中间平衡和妥协”，淘宝网总裁姜鹏说道。
　　
　　而当这些问题越来越明显，马云和曾鸣便不得不引起重视。毕竟，淘宝集市的规模虽大，但“以免费换规模”的后遗症在此刻显露无遗：公司一直无法在C2C上找到十分有效的盈利模式，使得淘宝在盈利问题上一拖再拖。众所周知，卖广告并非平台的核心价值所在，在C2C上盈利薄弱的淘宝，再一次将目光转向了B2C——毕竟，收取交易佣金是被证明过的行之有效的模式。淘宝较为理想的设想是，C2C培育起来的旺盛人群和流量将逐渐汇集到商城，且将之前的资源累积进行价值转移。
　　
　　然而此刻，商城面对的早已不是一片蛮荒之地。阿里管理层前两年对商城态度的暧昧不明，直接导致商城的品牌知名度远不如集市。艾瑞咨询分析师苏会燕则认为，淘宝商城此前并没有真正地独立过。
　　
　　对此，曾鸣表示，如果消费者不经提醒，“他们报出的国内前三大B2C网站里往往都不会提淘宝商城”。但他随即补充，“到今年底的时候，希望达到大家提到B2C时，不说淘宝商城都不行”。毕竟从数据来看，淘宝商城的表现让人不容忽视。根据艾瑞咨询的数据，2011年Q2，在中国B2C购物网站领域，淘宝商城Tmall.com占据整体市场份额的48.5%，其规模相当于排名2-10位企业份额总和的近2倍。京东商城以18.1%占据第二位，卓越亚马逊、当当网、凡客诚品分别以2.4%、2.2%、2.0%占据3-5位。
　　
　　冲突与共存
　　
　　2010年11月，淘宝宣布商城域名独立，商城的品牌变得更为鲜明，环境也更加纯净。而一个多月前的分拆，则彻底将商城与集市的组织架构隔离开来。
　　
　　如今，张勇感受到的最大变化是，“整个团队可以更快速地响应市场变化，做一些纯粹的决定”。而此前，淘宝太大了，“里面有各式各样的商业模式与利益主体，做一个简单的决定都很困难”。与此同时，商城的团队更加独立，技术和服务人员完全按照独立的公司标准来配置，不再依赖原先“纵横交错”的C2C底层。
　　
　　马云的“拆招”
　　
　　“现在，集团能完全根据B2C的业务发展来配置战略资源，包括技术、人才、资金。说白了，我们目前的状态是可以撒开腿跑了”。张勇称。
　　
　　尽管这种状态看上去很美，但仇文彬指出，分拆之后各子公司的规模一下子就变小了，“原先的淘宝有几千亿的交易量，而单独的商城只有几百亿。随之而来的问题是，各家子公司间如何协同，大家的立足点和想法相较之前都会有所变化。”
　　
　　这与苏会燕的观点相似。在她眼里，尽管淘宝被拆成三家公司，但仍隶属于一个集团，“马云一定希望各块业务能有所联动”。但在新的组织架构下，各家公司合作与沟通的效率很可能被拖慢。
　　
　　对裂变中的淘宝而言，引入新的管理模式是绕不过的坎。在新的组织架构下，阿里同样需要引入新的管理模式。“很多事情我们不会下命令了，你应该找到一种方法，对双方的利益都是最大化，来激励大家。”曾鸣说道，“比如，各个部门都会签订服务标准协议，如果你做不到，那么其他人也可以选择外部服务商。”