微波杀菌只适用于霉菌、酵母菌、大肠杆菌等不耐热的微生物，但对附着在食品背面，水分含量低的食品和无水分、诱导小的塑料或玻璃上的微生物，因温度不能充分提高，效果不显著。

微波加热法：微波加热法有烤炉或导管式两种，后者应用于处理液体，液体流过斜贯于导管的玻璃管中被加热。

无菌包装技术：无菌包装技术是经过杀菌、冷却的无菌食品在无菌状态下，充填到预先杀菌过的容器中，经过密封而能长期贮藏的包装技术。近十年来，无菌装罐由流体发展到固体，包装材料由金属罐向包装材料推移.无菌包装技术在欧美、日本等国迅速发展，广泛应用于牛乳为主的乳制品，果汁、布盯肉类等加工食品，蔬菜汁、肉汤、清凉饮料和咖啡饮料、豆浆等领域。

无菌包装优点很多：制品风味、组织色泽变化及营养成分损失和蛋白质热变性都较少，无菌包装的肉制品没有脂肪析出和肉汁分离现象，能更好保持原口感和风味；无菌包装的果汁易于保管，味道新鲜，实用方便。无菌包装对包装容器强度要求低，材料可用纸板、塑料、铝等。特别是纸容器成本低，重量轻，无金属溶出现象，用后可弃，处理简单，美国饮用牛乳70%都用纸包装。无菌包装还有节约能源、适合大批量生产等优点。

无菌包装系统包括食品的杀菌和无菌充填密封两大部分。食品杀菌通常采用高温短时杀菌工艺(HTST法)和超高温瞬间杀菌(UHT)，用耐热性塑料薄膜与铝箔组成的复合薄膜，更能大幅度缩短杀菌时间。无菌充填包装用的软包装材料杀菌一般采取紫外线杀菌、放射线杀菌及过氧化氢溶液浸渍、喷雾、热风干燥，或用气体杀菌剂杀菌。

国际上典型的无菌包装装置有美国Dole公司的无菌装罐，用于金属罐包装的流体、胶体和含有固形物的食品，如多种布盯炼乳、酱状食品、酸奶鲜奶等。无菌装罐设备由空罐杀菌、充填、罐盖杀菌、封罐四部分构成，空罐210℃～220℃杀菌45秒后进入无菌室时，从其下部喷射无菌水使空罐冷却，一般采用槽流式装罐机连续装罐。日本的MM无菌充填装置是将苯乙烯塑料薄膜用双氧水杀菌后，加热成形膜冲压成环状容器，自动定量充填，送出经双氧水杀菌的盖用铝箔，用密封膜封口，落料膜切断，用于布盯果酱、冰淇淋、牛乳、果汁等无菌充填。在无菌包装过程中，除对包装用材料、包装食品消毒杀菌外，对车间、工作机械、空气，整个操作都需清洁无菌，彻底实现微生物控制的生产管理和流通管理。

目前，还开发了更适用的新杀菌技术。如使罐头在高速旋转中用气体火焰直接加热的火焰灭菌法，可加速热传导，防止受热不均匀，应用于罐头食品与蒸煮袋食品效果好；还有包装材料不必杀菌、食品处理设备简单的液体食品杀菌的独特方法；利用过热蒸汽对干燥食品进行气流式杀菌法，不会象饱和蒸汽使原料受潮，对谷物及粉粒状食品效果更好。