何寿川现在尝试的新造纸技术路线，不仅选择了非木原料秸秆，而且改变了整个造纸工艺。制浆就是获取纤维素分离木质素的过程，传统的方法是加碱，用强破坏力的化学手段分离木质素。优点是速度快，缺点是要加上碱回收精馏塔这样高成本的设备。

　　永丰余尝试的生物制浆则是用微生物分解原料秸秆，优点是没有化学添加剂不需要增加高昂的环保设备成本，缺点则是分解过于缓慢。如何解决微生物分解速度，是所有在尝试生物制浆的企业都要克服的难题。一旦攻克，则在适当的市场环境下，很有可能再次重塑造纸行业的格局。

　　现任永丰余位于扬州的生物制浆厂厂长的黄睿志在2003年加入在高雄的永丰余研发中心。最初研发团队找到的是生长在森林中的分解木材的一种名为白腐菌的微生物，然而把白腐菌引入实验室后发现其分解秸秆的速度极其缓慢，秸秆完全分解出纤维素需要长达八至九个月的时间，毫无生产价值。

　　黄睿志介绍，随后研发团队在牛粪和马粪中发现一种微生物，也可以分解秸秆，分解时间缩短到四天。然而这个分解时间对于工业生产而言，依然太长。微生物分解秸秆主要是靠微生物分泌的酵素，研发团队从牛粪、马粪中挑选出可分解秸秆的微生物来培养纯化活性酵素。“一开始我们也觉得很奇怪，如果牛、马需要四天才能分解，那岂不是饿死了？”黄睿志思考，是不是在更上游的地方有微生物没被发现。

　　于是研发团队又在牛的胃中寻找可以分解秸秆的微生物，果然找到了一些分泌有效酵素的厌氧细菌。找出来之后，黄睿志发现厌氧细菌生产酵素的生产力不是很高。研发团队的解决方案是，把厌氧细菌中控制酵素生产的那一段基因克隆出来，再找到一个高产的寄主，酵母菌由于快速生产的特性被选为寄主，能够快速生产出酵素。

　　这一阶段已经属于分子技术的范畴，于是永丰余于2006年在台北设立了一个进行分子技术研发的分部，从台湾的大学中招聘了8个分子领域毕业的硕博士及大学生加入到酵素研发的专业团队中，黄睿志也从高雄搬到台北。最后，研发团队挑选培育出能快速大量生产且高活性的酵素，使得在同样时间同样能源消耗下，酵母生产的浓度大幅提升，进而使得秸秆分解的时间大幅缩短。最终，永丰余实现秸秆分解时间只需一个小时。

　　“我们使用的酵素，是我们自己筛选出来的，分子技术有，大家都可以尝试，但能不能成功，还是要看一点运气。”黄睿志说。

　　何寿川告诉记者，生物制浆技术中最核心的难点就在酵素，现在永丰余筛选出来的特殊品类的酵素，“大概是全世界活性最高的，有很高的门槛”。

　　解决酵素活性问题后，还要解决研发过程中生物和造纸融合的问题。最初实验室生产出来的纸浆质量很差，何寿川找到黄睿志，让他看看出现了什么问题。后来黄睿志才发现，做生物研发的人不懂造纸，注重的是将秸秆分解，重点放在分解破坏上。但从造纸角度，纤维的地方是不能被破坏的，要保护纤维。而且生物这端分解后，由于生物研发团队不懂造纸，甚至拿杂质给下游团队去造纸，而好的纤维却拿去堆肥这样的乌龙状况。后来永丰余加大了生物研发团队对造纸知识的了解，这些问题才得以解决。

　　何寿川对生物制浆研发非常重视，每周都会跟研发团队召开一次会议来了解进展。2008年，每吨纸浆生产过程中需要添加的酵素成本从最初的一千多元降低至不到三百元。何寿川觉得到了工业化量产的阶段，让黄睿志着手进行工厂产线的设计。